Hur diagnostiserar man Covid?

Det verkar inte som om du egentligen undrar någonting alls, utan vill mest framföra din ståndpunkt.

Att Mullis sagt att PCR inte är en lämplig metod för att diagnosticera virusinfektioner är, i bästa fall, vilseledande. Påståendet är taget ur sin kontext och brukar framföras av dem som inte kan någonting om cellbiologi och/eller hur PCR fungerar.

Om jag tolkar det där rätt så är inte bytet för att PCR inte funkar, utan för att PCR endast kan testa för en typ av virus i taget, och med andra metoder som kan testa för flera typer samtidigt sparar man tid. Svårare än så verkar det inte vara. För, du vet väl hur PCR funkar (utan att googla)?

Ok, då är jag nog vilseledd, det här är ju en kortare videosnutt men lyssnar man på vda som finns av honom så uppfattar jag inte att han yttrar sig annorlunda beträffande lämpligheten att använda PCR för att ställa diagnos. Förklara gärna hur man kan använda PCR för att fastställa diagnos när det inte är ett diagnostiskt verktyg. Jag är uppriktigt undrande, eftersom det är vad man gör och jag inte förstår hur det går till.

"CDC encourages laboratories to consider adoption of a multiplexed method that can facilitate detection and differentiation of SARS-CoV-2 and influenza viruses. "

Absolut, multiplexed antyder att man kan detektera flera virus samtidigt. "Differentiation" antyder för mig att man också behöver ett test som kan skilja på virusen man hittar, annars hade det väl räckt med multiplexed detection? Vore väl inte vidare multiplexed om man inte ser skillnad på vad man får?

Du kan kalla min fråga ståndounkt om du vill. Då är min ståndpunkt att jag tycker det är märkligt att det menas att de testmetoder som använts för att ställa diagnos inte är dugliga för ändamålet.
Eftersom man ändå använt metoderna får jag utgå från att det finns ytterligare information som jag inte har. Jag skulle gärna vilja veta hur man fastställer att en person fått covid av cov-sars2 viruset.

Exakt det här hävdar Mullis ger att man kan hitta vad som helst för om man går långt ner nog så finns det partiklar av allt möjligt närvarande. Enligt honom kan man då förstora vad som helst utan att det sig säger något alls om betydelsen av partikeln från början:
"Polymerase chain reaction (PCR) is a process that amplifies (replicates) a small, well-defined segment of DNA many hundreds of thousands of times, creating enough of it for analysis. Test samples are treated with certain chemicals[20][21] that allow DNA to be extracted. Reverse transcription converts RNA into DNA."
en.wikipedia.org/wiki/COVID-19_testing

Hur är det missledande, vad är det man kan tolka fel i det?

Jag får heller inte ihop hur man med ett antigentest avgör att det är just Cov-Sars2 man får svar på, och inte ett annat virus i coronafamiljen, om det stämmer som jag förstått att antigentestet påvisar närvaro av "Nucleocapsid protein", vilket är ett protein som är gemensamt för en mängd olika coronor.

www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4147684/

 

Finns det ett test som reagerar på en individuell egenskap i just Cov-sars2 och vad är det i sådana fall som testet snappar upp?

Det Mullis pratar om i videosnutten är skillnaden mellan kvalitativ och kvantitativ analys i kontexten kring retrovirus (HIV) och hur man tolkar analysresultatet, samt att det finns gränser för hur man kan använda PCR.  Retrovirus (som HIV är), och Coronavirus är två olika typer  med olika karaktäristik och det Mullis säger om retrovirus går inte nödvändigtvis att direktöversätta till andra typer av virus. Men, bara för att Mullis säger att det finns gränser för metoden, är det inte samma sak som att han säger att den inte bör användas alls eller inte funkar för att upptäcka virusinfektioner.

Det PCR berättar för analytikern är i princip om provet innehåller genetiskt material från en utvald mikroorganism, i detta fall RNA från cov-sars-2. Det säger inte hur mycket som finns, hur sjuk patienten är eller graden av smittsamhet, men det ger fortfarande en indikation på om viruset är närvarande i kroppen, och i allmänhet med denna typ av virus, det är att om vi är infekterade, så blir vi även sjuka, om ock i varierande grad. En falsk positiv är nästan omöjlig att få om analysen utförs korrekt, däremot kan man få falsk negativ om just de milliliter prov man tar inte råkar innehålla virus, till exempel för att det gått för lång tid mellan infektionen och testet, så att mängden virus hunnit börja minska.

Nu är det så här att vi inte kan se virus med blotta ögat, det är liksom inte lika lätt att diagnosticera en virusinfektion som det är att se ett brutet ben på en röntgenbild. Vi måste därför använda oss av olika metoder för att ta reda på om en patient har till exempel en viss virusinfektion, och dessa metoder har alla sina för- respektive nackdelar, och det är inte alltid man med 100% säkerhet kan fastslå saker. De som inte själva är forskare verkar tro att om bara en forskare vill något riktigt mycket, så är det bara att sagda forskare stänger in sig i sitt lab eller snickarbod och inom några veckor har denne uppfunnit någon ny fiffig metod eller grej som löser alla problem och mer därtill. Verkligheten funkar inte så, ibland måste vi använda oss av metoder som inte är felfria (som dessutom utförs av människor som inte heller de är felfria) och förlita oss på att de tillsammans med andra verktyg kan ge oss en helhetsbild som gör att vi är hyfsat säkra på vår sak.

En multiplexed method är att göra flera saker samtidigt, ja, men ibland behöver man göra en serie av metoder för att få ett resultat. Till exempel, i klassisk PCR så preparerar man först provet och kör det sedan i en PCR-maskin. Sedan, när PCRen är klar, behöver man analysera resultatet separat (till exempel med gelelektrofores), Klassisk PCR är inte en allt-i-ett-metod. Så är det ganska ofta med lab-arbete, varje analys innehåller flera delsteg.

Jag har läst kurser i cellbiologi, immunologi och biokemi under min utbildning (och där ingick både teori och praktik kring PCR, just eftersom det är en sådan otroligt vanlig metod), men jag är analytisk kemist, inte molekylärbiolog eller liknande, så jag är långt ifrån expert på virus.

Visst kan man hitta mycket med PCR om man nu skulle vilja det, men det finns vissa av de partiklarna som det är sannolikt att närvaron av dem ger patienten sjukdomssymptom, och jag skulle vilja påstå att SARS-CoV-2 är ett av dessa. Bara för att man kan hitta det mesta om man söker lite ger inte det att inget av det man hittar har något värde, eller hur?

Ja, man kan lugnt säga att det finns test som "reagerar på en individuell egenskap i Cov-sars2", det är liksom det PCR är? Jag antar att du vet att varje levande varelse har ett unikt DNA/RNA? Det gäller även virus (om man nu kan klassa virus som "levande", men det är en annan diskussion). Analyserar man DNAt hos en hund och hos en katt ser man att dessa två visserligen har mycket gemensamt, men de har skillnader också som gör att man lätt kan se vilket DNA som tillhör vilket djur. Så är det med virus också, de olika typerna skiljer sig åt på vissa sätt i genomet.

Olika sekvenser i genomet kodar för olika proteiner, och den sekvens som kodar för ett visst protein kopieras och denna kopia använder sedan cellen för att tillverka proteinet i fråga. Så långt antar jag att du läst om på gymnasiet? Det man gör inför PCR, är att leta reda på en sekvens som är unik för just den organism man är intresserad av, och sedan på konstgjord väg kopiera denna sekvens. PCR är alltså konstgjort replikation. Om detta DNA/RNA inte finns i provet, kommer det inte heller att ske någon replikation.

Tack för utförligt svar, kanske har du tålamod att ytterligare förklara hur det går till, för jag har naturligtvis fler frågor 

Min lekmannaförståelse av testmetoden är att man har ett prov med partiklar. Dessa är var för sig i så ynkliga mängder att man måste mångdubbla sample-storleken tills man kan börja identifiera innehållet. Efter en viss nivå av förstoring kan man hitta nästan vad som helst, för att en partikel av nästan vad som helst kan vara nästan var som helst. På vilket sätt skiljer sig bitar av retrovirus och coronavirus i hänseendet att det kan förekomma irrelevanta mängder partiklar som kan hittas om man blåser upp provet tillräckligt? Är yttepyttebitar av corona aldrig irrelevant? Enligt FHM:
"PCR-tekniken som används i test för att påvisa virus kan inte skilja på virus med förmåga att infektera celler och virus som oskadliggjorts av immunförsvaret och därför kan man inte använda dessa test för att avgöra om någon är smittsam eller inte."
Av det tolkar jag att man kan ha rester av viruset efter att immunförsvaret gjort sitt, kanske upplevt att man hade en förkylning som egentligen var covid, vilket senare kan leda till ett positivt PCR-svar även fast man inte längre är sjuk, men immun (och därmed inte utgör något hot mot andra och borde få flyga).

Du skriver roligt. Trevligt att det kan vara kul också även fast ämnet är allvarligt. 

Hittade troligtvis svar på min tidigare fråga om PCR-testet kan skilja på flunsa och SARS-COV2:
"The COVID-19 Nucleic Acid RT-PCR Test Kit is a real-time RT-PCR test that contains two primer  and  probe  sets  to  detect  regions  in  the  SARS-CoV-2  ORF1ab  and  nucleocapsid  (N)  genes and one primer and probe set to detect human ?-actin in a clinical sample. RNA isolated from upper respiratory specimens is reverse transcribed to cDNA and subsequently amplified [...]"
Man får utgå från att det RNA som isoleras för identifieringen är unik för just SC2 och inte en bit som är gemensam i coronafamiljen. Med andra ord, testet visar inget annat än SC2, svar på min egen fråga. 

Glömde länk ang. PCR-testet, kan man inte editera sina inlägg på det här stället?

www.fda.gov/media/141246/download

Sorry, missade att du skrivit två svar och redan svarat på vad jag ytterligare frågade.

Jag läste inte särskilt mycket i gymnasiet.

Har inte läst mig hur man gör separata citatklipp i samma inlägg...

Ang. närvaro av partiklarna hänvisar jag till tidigare fråga om rester som finns kvar efter tillfrisknande. Om man sedan skulle känna sig krasslig av annan anledning och testar positivt får man covid-diagnos? 
Nej, det är självklart inte likställt med att det inte har ett värde, men i sammanhanget framstår det som att man hittar också i sig saknar relevans. Om det inte är som du påstår, att en nästintll obefintlig mängd RNA från ett visst virus kan ge upphov till sjukdomssymptom. Det är där vi som inte är experter ställs inför utmaningen att välja vilken av alla experter som hävdar olika saker som man ska lyssna på. Svårt att veta vem som har rätt, om man inte har expertkunskap.

Jag gjorde en slarvig syftning, med frågan om det finns test som reagerar på individuell egenskap siktade jag på antigentestet där jag inte kunde hitta någon specifikare än att det detekterar (N), men framgick inte om det identifierar det RNA som (N) hänger ihop med eller inte, eller om man nöjer sig med att bekräfta att (N) finns, symptom finns och så tycker man att det räcker så.

En eloge till Embla som orkat svara dig utan att hänfalla till sarkasmer (inte säker på att jag själv hade orkat ). 

Jag kan väl tycka att oavsett det handlar om covid eller annan forskning så får vi som inte jobbar med det vackert acceptera att de som gör det, givetvis gör det bästa de kan (och att de kan mycket mer om ämnet än vi som är lekmän). Att fastna vid en videosnutt från EN person och sen bygga hela sin uppfattning om ämnet är inte vettigt. 

Jag arbetar själv inom en helt annan bransch och det är samma sak där. Folk som inte alls jobbar inom branschen har en massa synpunkter och när jag förklarar (eller försöker förklara) komplexiteten och hur orsak-verkan inte säkert fungerar så som de tror, så är det ändå många som bara vidhåller det de ursprungligen trodde (det är väl enklast antar jag). Det vanligaste är att folk har snabbat upp EN sak, gärna något de uppfattar som negativt, och vill diskutera det med mig som de då förväntar ska trolla fram en lösning/förklaring. Helst ska jag förstås "erkänna" att de hade rätt och hela branschen hade fel också. 

Tänk vad enkelt om det vore så. Tyvärr har "de som kan" ofta helt olika åsikter om vad som gäller. Tegnell kan säga att det är på ett sätt - och WHO kan säga att nej, det är såhär. I slutändan står du själv där och måste ändå fatta ett beslut som inte går att ångra i efterhand bara för att någon ny expert har dragit en ny slutsats. Så det är inte så lätt!

I teorin räcker det med att det finns ett virus i provet så kommer man att få ett positivt resultat på qPCR. En av begränsningarna med PCR, är just detta, och att resultatet inte säger något alls om hur sjuk eller hur smittsam patienten är. PCR är en kvalitativ och inte kvantitativ analys, och den kan inte heller skilja på levande och oskadliggjorda virus.

Det är därför man gör en samlad bedömning, där PCR bara är en del av helhetsbilden. Det är inte samma sak som att resultatet av PCR är irrelevant, bara att bedömaren behöver ha insikt i metodens för- respektive nackdelar. Men det gäller de flesta analyser, inte bara inom sjukvården.

Hur virus funkar är väldigt olika. Med vissa av dem krävs det bara några enstaka virus för att kroppens immunförsvar ska triggas igång rejält, med andra krävs det en stor mängd virus för att få samma respons.

Antigen-tester riktar inte in sig på DNA/RNA, utan på de spikproteiner som virus har på sin yta. Det finns två typer av dessa proteiner, H och N, och de förekommer i olika varianter och kombinationer hos olika virus. När ett virus muterar, är det ofta i spikproteinerna, så att det kan komma undan immunförsvaret, som i det läget inte längre känner igen viruset om spikproteinerna ändrats tillräckligt.

Antigen-test är en "trubbigare" metod än PCR, men går betydligt fortare. Återigen måste man förstå att det finns för- och nackdelar med alla metoder. Hade vi haft en enda, enkel metod som snabbt och precist identifierade exakt virus, och gärna även gav annan information samtidigt, skulle den naturligtvis användas. Nu har vi inte det, utan vi får så länge nöja oss med det som står till buds.
Jag siktade på "hyfsat saklig och pedagogisk på en nivå som även de som inte läst något om cellbiologi, immunologi och analysmetoder kan förstå", så är jag rolig är det helt omedvetet.

Tack. Sarkasm är kanske skönt för den som hänfaller till det, men det är knappast konstruktivt. Om man ska få bukt med feltolkningar, halvsanningar och rena lögner behöver man ta de människor som undrar vad som är sant eller har en annan åsikt på allvar, och inte nedvärdera eller avfärda dem. Jag anser att hån och påklistrande av epitet ("antivaxxer" till exempel) bara befäster felaktigheter och rena konspirationsteorier. Få människor ändrar åsikt när de blir bemötta på det sättet.

Håller helt med. Finns det något fält där alla experter är helt överens?

Problemet med just Covid-19 är, anser jag, att om man inte litar på vad Tegnell säger så blir man automatiskt avfärdad som foliehatt. Det spelar ingen roll att man lyssnar på en annan/ andra meriterade forskare (eller kan i efterhand peka på direkta felaktigheter i Tegnells uttalanden), utan det är just den expert som jobbar för en statlig myndighet som är bäst. Experter som anlitas av svenska staten verkar bli heliga kor i mångas ögon tyvärr.

Tack, jag har nu en tydligare uppfattning om tingens ordning i ämnet. Sökte igår innan jag somnade på virusdensitet nödvändig för att orsaka infektion. För SARS-COV2 är mängden ännu okänd, men läste exempel på ett annat virus (glömde namnet, ej corona) som det räcker med 18 virusenheter för att trigga infektion och sedan är det full rulle med oerhört snabb delning och spridning i celler.

Då får vi väl hoppas att ditt expertområde inte är läsförståelse.

Se, enkelt att vara sarkastisk, men vad vinner man på det?

Där berör du nog den enskilt mest bidragande orsaken till varför den här tråden ens startades. Tycker det är mycket anmärkningsvärt hur enkelriktad informationen kring allt som berör covid är, allt från vaccinsäkerhet, effektivitet, till nedstängningar, distansiering och maskbärande.
Visst finns det en del läkare som är fantaster och sensationalister som är svåra att ta på allvar, men det finns också gott om välrenommerade, sansade och resonabla experter vars synpunkter inte släpps fram till allmänheten.
Min uppfattning är att det råder en felaktig bild av att det råder konsensusstöd bakom de åtgärder och rekommendationer man vidtar, vilket inte går ihop med min uppfattning om hur många som motsätter sig de implementerade strategierna.
På hemmaplan är "läkaruppropet" ett bra exempel på röster som inte kommer fram. Nils Littorin har i youtubekanalen "Hur mår Sverige" en mängd utmärkta intervjuer med experter inom berörda fält, inget som verkar nå allmänheten.

Den som inte är ett sömnigt får undrar naturligtvis vad som pågår och börjar försöka ta reda på saker själv istället för att förvänta sig att public service och Aftonbladet ska fungera som en upplysningens fyr. Många får dessvärre felaktiga uppfattningar med anledning av all desinformation som finns, från vilket tämligen verklighetsfrånvända uppfattningar skapas.
Vet av egen erfarenhet att det finns avsiktliga ambitioner att vilseleda folk efter att ha debunkat fyra videor på Rumble på en kanal. Videorna visade människor som tycktes ha paralyserats eller fick konstiga spastiska anfall, och det hävdades att det var efter de fått vaccin. Jag lämnade kommentarer där jag länkade till ursprungskällan som ofta var 2-3 år äldre än när vaccineringarna började. I min enfald trodde jag det skulle uppskattas att jag påpekade misstaget, men istället raderades mina kommentarer och besvarades som om jag nämnt något som styrkte det påstådda.
Där finns en förklaring till varför en del har vilda uppfattningar om vad som pågår. Man har tappat förtroendet för etablissemanget och söker information själv och möts av avsiktliga desinformationskampanjer. 

Hur du än vänder och vrider på det så blir konsekvensen densamma i slutändan. Är 9 av 10 covid-fall falska positiva så innebär det att vi får fördela alla sjukhusvårdade, döda och post-covidfall på de 10% som blir kvar. Dvs om sannolikheten att hamna på sjukhus i din åldersgrupp är 10% så som vi räknar fallen nu, så är den 100% ?på riktigt?. Det spelar ingen roll om du räknar på det ena eller det andra sättet när du beräknar risken att hamna på sjukhus eller konsekvenserna för samhället. Om hela sjukvården befunnit sig på bristningsgränsen i 18 månader för att 2% av befolkningen drabbats av covid så är ju läget snarare mycket värre än vi tror.

Jag har personligen stött på några enstaka patienter som varit falskt positiva (samtliga hade haft infektionen tidigare och utsöndrade således fortfarande viruspartiklar), men betydligt fler som varit falskt negativa. Inom sjukvården ställs diagnosen i genom en sammantagen bedömning av PCR, labbild, röntgenundersökningar, klinisk bild, epidemiologisk kontext och ibland antikroppstest.