Tillståndet gäller i tre månader. Under den tiden ska alla produkter analyseras innan de får distribueras och säljas.
Ferrero räknar med att kunna återuppta produktionen om några veckor.
Storstädar kinderäggsfabriken efter salmonellautbrott
Enligt Ferrero har en storstädning av fabriken genomförts och åtgärder har vidtagits för att något liknande inte ska kunna inträffa igen.
Ferrero tvingades dra tillbaka över 3 000 ton Kinderprodukter till ett värde av tiotals miljoner euro efter att salmonellafall i våras spårats till choklad som tillverkats i fabriken.
400 salmonellasmittade barn efter utbrottet
Närmare 400 salmonellafall upptäcktes i EU och Storbritannien, många hos barn. Inga dödsfall har rapporterats.
Anläggningen stängdes i början av april, precis före påsk, som vanligtvis är högsäsong för Kinderäggen.