Det är väl meningen att du ska ha så pass mycket "bas-kunskap" i ämnet så att du ska kunna förstå enklare resonemang i ämnet (ni läser ju både i samma ämne på samma nivå) och det som är uppsatsens "ämne" bör vara förklarat på ett sånt sätt att du bör förstå. Är uppsatsen otydlig i sina resonemang, påpeka det! Det är ju meningen att du ska förstå även om du själv inte skrivit uppsatsen.
Jag brukar för det första undersöka om hela uppsatsen har en röd tråd. Ibland kan uppsatser göra väldigt stora avstickare från ämnet och så ska det ju inte vara.
Är resoenamangen logiska, görs det slutsatser som är rimliga, kunde det använts någon annan metod (ställ frågan, låt uppsatsskribenten få motivera) i undersökningen, motivera skribenten modeller, antaganden eller likande i uppsatsen.
Var inte rädd att ställa frågor på sånt som är otydligt, jag använde ofta "hur tänkte du/ni här" och refererar till ett stycke. Att ställa frågor är ett bra sätt att ge kritik.
Jag gick upp med min D-uppsats i företagsekonomi 2007, samma dag gjorde jag mina opponeringar (vi skulle göra en huvudopponering och leda uppsatsseminariet, och två sidoppoeringar). Jag gjorde då huvudoppen med en kompis, vi la ner ungefär en "dag" (9-16) på förberedelser. Vi var bland annat kritiska mot uppsatsens slutsatser och de metoder som användes för datainsamling. Småsaker som språk mm. tog vi upp i ett "brev" vi gav till uppsatsskribenterna efter seminariet. (småsaker som stavfel och sånt tycker jag inte hör hemma i en "offentlig opponering", däremot kan man ge tips på ändrigar i språk/stavning i t.ex. brev eller påpeka det efter seminariet.. så vida språket inte är extremt dåligt).
Det finns opponeringsmallar på internet som man kan följa. Det är ingen större skillnad mellan att oppa på en C- och en D-uppsats, förutom att D-uppsatsen ofta har högre ställda krav på "forskning" och väldigt höga krav på källor (hör med din handledare om krav på C- resp. D-uppsats).
Lycka till med uppsatserna, både som opponent och då du själv går upp med din egen!