Hur får man ett gott samvete när man är född med ett dåligt samvete

Ingen är född med dåligt samvete. Bebisar vet inte vad samvete är för något. 

Men du vet redan svaret, som du skrivit, att jobba på dig själv. Kanske behöver du en annan terapeut som specifikt kan jobba med just det, inte bara säga att det är det du ska jobba med. 
Du behöver ändra tankemönster, det gör man ju inom KBT mot tex olika fobier. Jag är inte utbildad i det, men jag tänker att det borde gå att ändra tankemönster även om annat. 

Bättre att ha dåligt samvete än inget samvete alls, Det är ändå ett bevis på att du är mänsklig, även om det är synd om du känner dåligt samvete över sådant du inte är skyldig till.

Själv har man varit svarta fåret i släkten och alltid fått dras med en dålig självbild och dåligt samvete.

Jag tror, utan att veta, att du kanske istället är en högkänslig person. Du tar in allt som händer omkring dig, 
Det finns mycket skrivet om högkänslighet, allt stämmer inte alltid på alla. Men kanske beskrivningar kan hjälpa dig att förstå dig själv.
Här en länk att läsa, det finns mycket skrivet. Till och med enförening. Lycka till
https://www.flashback.org/nya-amnen

Helt fel länk, Här kommer den riktiga. https://www.hspforeningen.se/hogkanslighet/om-hogkanslighet/

Det "IngridBarbro" är inne på, stämmer nog till viss del. Att "vara" HSP är att leva utan filter. Vilket gör en mer mottaglig.
Men det finns såklart fler parametrar för att hamna i ditt läge. Där tror jag identifikation är det viktiga. Att när du skuldbelägger dig själv, så känner du dig trygg med den självbestraffningen. 
Antar det är där du behöver jobba. Antingen hitta orsaken till att du tar rollen som ett offer. Eller att du tar kontroll över behovet av att straffa dig själv och gör det under mer kontrollerande former.