Barn med en Marockansk medborgare

Hej!
Tänkte höra med er om det är någon som vet eller kanske till och med är i samma sits som oss. Det är nämligen så att för över ett år sedan träffade jag min pojkvän på kanarieöarna (jag har bott där dom senaste åren!) Han är från marocko och även han har bott på kanarieöarna. Efter ett tag beslutade vi oss för att åka till sverige, på flygplatsen frågade dom honom inte om något visum, så vi kom enkelt in i sverige. Efter ett par månader blev jag gravid, och vi gick till Migrationsverket för att ansöka om uppehållstillstånd till honom, detta var i början av maj. Nu idag fick vi ett samtal från dom att dom ville ha kopia på hans visum, men sedan innan så har dom kopierat hans pass, och vet att han inte rest in på något visum.
Jag ska föda våran son om 17 dagar, och dom vill att när han är ute så ska vi gå till kommunen och skriva under papper på att han är pappa till barnet...dom sa även att det kommer ta lång tid då dom kommer starta en utredning ang hur han kom till sverige!
Någon som vet vad nästa steg kan bli?
Kan dom skicka honom tillbaka till marocko för att ansöka? även fast att han har ett nyfött barn i sverige?