Migrationsverket, uppehållstillstånd, lång väntetid

Hej! Är det nån som vet?
Jag är svenskmedborgare och har förlovad mig med en tjej sär är icke EU medborgare. Vi väntar barn i mitten på mars 2017. Vi har sökt UT för blivande sambo/planerar att gifta sedan 20160814. Vi sökte elektronisk dvs webansökan. Vi skickade allt dokumentation t.ex graviditets intyg, hyreskontrakt och försörjnings möjlighet dokumentantion osv.  Vi har inte hört något från Migrat.
Min fästmö väntar i hennes land på svaret och jag bor och jobbar i Sverige.
Eftersom hon är viseringsfri kan hon endast bor här 90 dagar längst under tiden av 180 dagar därför vi väntar fortfarande separata från varandra.
Vi planerar att hon får komma i Sverige för att vara tillsammans 2 månader innan planerad födelse för att vistas  utan problem här och föda barnet. Vi står för alla kostnader jag menar vi har råd.
Min fråga är kan min fästmö vänta i Sverige för beslutet även när 90 dagar hon är viseringsfri har gått eftersom vi vill vara tillsammans när vi ska få barn?
Kan vi ansöka inifrån när hon kommer hit för att be Migrat att ge oss beslut/svar och intervju i Sverige? utan at riskera problem med hennes pass?

Tacksam för svar då som det ser ut beräknad tid för svar för såna ansökan/ärenden på Migr stiger och stiger och anses normal från myndigheten fast man är svensk medborgare ( okej ursprungligen från annat land men ändå på pappret är som alla andra med jobb, boende och skattbetalning osv). Det är diskriminerande från myndigheten att skilja familjer/blivande familjer fast man har all dokumentation anser jag och något måste göras åt hör oavsett om nån enskild av oss får snabb svar för att det är många som drabbas psyckiskt/ekonomiskt osv.