Måste man berätta för arbetsgivaren att man har skyddad identitet?

Först och främst, beklagar allt som hänt dig  Usch! Jag tror inte en enda vettig arbetsgivare skulle tro att felet ligger på den som har hemlig identitiet, tycker inte alls att det riskerar få dig att framgå som kriminell. Nej var ärlig mot din arbetsgivare tycker jag, och oroa dig inte 

Du måste vara öppen med detta!
Det ska finnas speciella rutiner hos arbetsgivare som talar om hur det ska hanteras, hur man lägger in medarbetare i lönesystemet, hur e-post skapas osv. Allt för att INTE det av misstag ska röjas vem du verkligen är. Det är superviktigt. Är arbetsgivaren en offentlig verksamhet så är även löner mm offentligt och du vill inte riskera att uppgifterna röjs för att du inte haft mod att berätta.
Det är inga konstigheter, när jag hanterat liknande ärenden så handlar det bara om att sätta markeringar på rätt ställen och följa en manual. Men det blir omöjligt att göra rätt om man inte vet om det. 

Nej du behöver inte berätta, lönen betalas ut som vanligt. 

De måste ju få veta, så att de inte avslöjar dig om någon skulle ringa och fråga efter dig. Men du behöver ju inte berätta under processen, berätta när du är anställd.

Jag skulle säga att det är viktigt att du berättar, i alla fall i slutet på den första intervjun. Det förekommer tex att arbetsgivare på eget bevåg ringer tidigare arbetsgivare för referenser. Även om sånt ska sköta konfidentiellt så händer det att folk pratar, och plötsligt kan tidigare kollegor lista ut var du bor.
Du vill säkert inte heller att det nya företaget postar kontraktet till en adress där du inte bor. 

Innan du gör någonting så tycker jag att du ska kontakta BOPS (hos polisen som var inblandad i utredningen där du var målsägande) och prata med dom eller med skattemyndigheten som handlägger ärenden med skyddad id så att du får rätt uppgifter.

skatteverket.se/privat/folkbokforing/skyddadepersonuppgifter.4.18e1b10334ebe8bc80001711.html

Inget måste men väl som anställd uppdagas det då du ska läggas in i lönesystem etc. Ta det efter anställning med din chef o be om diskretion inför kollegor om du inte vill att fler ska veta.