Någon som är bra på kommateringsregler?

Svenskan har som grundprincip den något vaga principen att "tydlighetskommatering" gäller. Det betyder att man inte MÅSTE sätt ut kommatecken på de ställen där man KAN sätta ut kommatecken, utan ska sätta ut dem tillräckligt ofta för att det ska bli tydligt.

Frasen "förutom X-avdelningen" är ett inskott, och man KAN alltså sätta kommatecken runt den, men måste inte. Båda meningarna är alltså korrekta, och det blir en fråga om vilken stil man vill ha, och vad man själv tycker blir tydligast.

Kommatecken är mer frekventa i äldre texter och mer formella sammanhang. Yngre läsare tenderar att välja bort kommatecken, och kommatecken är därför mer sällsynta i mer moderna texter och mer informella sammanhang.

Själv föredrar jag alternativ 2, som jag tycker känns tydlig och formell, men alternativ 1 är inte inkorrekt.

Du rör ihop begreppen här. En konjunktion är inte en bisatsinledare, utan konjunktioner binder samman huvudsatser. "förutom X-avdelningen" är dock varken en huvudsats eller bisats, eftersom den saknar predikat. Det är inte en sats överhuvudtaget.

Du får självklart ha en åsikt om vilken av meningarna du föredrar, men varför slänga dig med en  massa termer du inte har koll på?

Tips: när jag hamnar i språkliga dilemman, slår jag alltid i Svenska skrivregler av Svenska språknämnden.  Det är en ganska kortfattad handbok, torr som fnöske, men alltid tydlig och klar med vad som gäller! Skriver man mycket är den guld.